Дополнительное соглашение действительно только, если:
1. Оно зарегистрировано в Росреестре.
2. Вы его подписали.
Если вы его не подписывали то неустойка считается по изначальному договору ДДУ.
Несмотря на это правило, застройщики часто включают в ДДУ вот такой пункт:
Застройщик имеет право в одностороннем порядке перенести сроки передачи квартиры на Х месяцев. Застройщик обязан уведомить об этом дольщика. При отсутствии ответа дольщика в течение Х дней ДДУ считается измененным в части переноса срока.
Если такое условие есть в вашем договоре, не пугайтесь, это уловка застройщика. Таким способом застройщик хочет отбить у вас желание обращаться за неустойкой. Иногда подобный пункт используется юристами застройщика для снижения неустойки в суде.